15-year-old boy impresses Magnus Carlsen with his calculations | Ediz Gurel vs Magnus Carlsen

dijital patolojide sınır sorunları

Patoloji ile ilgilenen yapay zeka firmaları müşteri çekmek için "clickbait" kullanmaya da başladılar.

Gen profilleme, sanal immünohistokimya gibi araştırma seviyesindeki modelleri "ürün" adı altında satmalarına alışmıştık. "QuPath çok da özellikli bir program değil" diye kendi viewerını öven yazılımcılara da heves kırmamak için şefkatle davrandıydım geçenlerde.

En son, "artık patolog olmadan da kendi Ki67 skorunuzu kendiniz değerlendirin" kısmına geldik. FISH ile tümör dışı alanı değerlendirmekte ısrar eden meslektaşlarımızdan sonra, şimdi de "home made" modeller ile tedaviye yön verici belirteçlerin "branş dışı hekimler ve hatta hastalar tarafından kullanılabilmesi", "tanının demokratikleşmesi", "hasta sağaltımının iyileştirilmesi" gibi kavramların çorbası ile karşılaştık. 

"Mümkün", "vaki", "had", "bilgi ve irfan nüansı" konularında çalıştay yapayım en iyisi.

Frozen sonrasında tedavi kararı nasıl alınıyor

Birkaç frozen sonrasında cerrahların onkologları arayıp mini-konsey ya da tele-konsey yaptıklarına şahit oldum. 

Bu entegre tanı ve tedavide daha da ilerlediğimizi gösteriyor.

Dijital Patoloji Webinar Serisi-2 Dijital Patolojide Validasyon

 

Dijital Patoloji Webinar Serisi-2 Dijital Patolojide Validasyon

 

Dijital Patoloji Webinar Serisi-1

Dijital Patoloji Webinar Serisi-1 

 

 

 

kişiselleştirme ve akademik kontenjana dair

Sevgili günlük,

Bugün ve dün şahit olduğum iki olay iş ve akademik hayat için çok etkileyici oldu. Bir hekim arkadaşım odasına bir manzara resmi asmak istediğinde aynı departmandaki "prof" titrli kişi gelip "odasını çok da kişiselleştirmemesini" salık vermiş.

Bunun ne kadar travmatik ve iş hayatını bozucu nitelikte olduğunu anlamasını beklemediğim bir kişi zaten ama, kendi çalıştığım yerdeki "kişiselleştirme" olarak niteleyebileceğim ufak şeyler bile gözüme güzel göründü :)

Bir diğerine de bir üniversite hastanesinde rastladım. Hocanın biri asistanına göstermek için pek de tanısal ehemmiyeti olmayan bir boya istemiş, hasta ya da sigorta ödemeyi reddettiği için boya yapılamamış. Asistana morfolojiden anlatmaya devam etme çabasına şahit oldum 5 başlı mikroskopta. 

Tabii bugün patoloji atlasında çok güzel görünür diye laboratuvara double immün yaptırıken kullandığım akademik kontenjanın ne kadar süreceğine dair ufak bir endişe de yaşamadım değil (düşünceli adam emojisi)

 

jamovi Türkçe çeviri

 

Gençler bir el atın da şu #jamovi'yi bir #Türkçe'ye çevirelim:  

https://hosted.weblate.org/translate/jamovi/jmv-i18n/tr/

#istatistik

#biyoistatistik

"Wrong Tissue in Block" makalesine dair

"Wrong Tissue in Block" makalesine dair:
Spesmenlerin karışma olasılığı olan yerlerden birisi makroskopide Ali yerine Veli'nin örneklenmesi.
Bu makalede anlatılan yöntemde bunu engellemek için spesmen istek kağıdının ve spesmen kutusunun barkod okuyucu ile okunması ve uyumsuzluk durumunda sistemin hata mesajı vermesi kurgulanmış. https://academic.oup.com/ajcp/article-abstract/156/4/700/6262319?redirectedFrom=fulltext
Benzer bir kurguyu biz de sudan alma sırasında blok ve lam karşılaştırması için düşünmüştük. O dönemki sistemde bunun yapılamayacağı ifade edilince önce google sheet ile daha sonra basit javascript ile spesmen no ve blok uyumunu ayrı ayrı denetleyebilen küçük sayfalar tasarlamıştık.
Rutin yoğun işler sırasında dalgınlıklar, disleksik okumalar oldukça sıklaşıyor. Bu durumları engellemek için aynı grup örneğe ardısıra numara vermemek, masada "tek örnek, tek kağıt, tek kaset" kuralına uymak ve sesli bir şekilde isim ve numarayı okuyup, eğer varsa bir yazıcıya teyit ettirmek geleneksel yöntemler. Belki bu geleneksel yöntemler ile kıyaslansaydı bu makalede önerilen informatik çözümün işe yarayıp yaramayacağı daha net anlaşılabilirdi.
Zorunlu okutma olmaması, hata yapanın anında uyarılması gibi "bias" oluşturan nedenlerle kurgu olarak eksikliklere girmeyeceğim.
Bu gibi işleyişle ilgili müdahaleci çalışmalarda klasik "Hawthorne" etkisinin düşünülmeyişi en büyük eksikliklerden vesselâm ...

 

Beyin Hasarı Sonrası Yaşam: Kurtulanların Öyküleri

Beyin Hasarı Sonrası Yaşam: Kurtulanların Öyküleri

 

Adım Adım Memorial Patoloji - Prof. Dr. İlknur Türkmen

Adım Adım Memorial Patoloji - Prof. Dr. İlknur Türkmen https://youtu.be/HYTqkBAHp_I

#memorialpatoloji #memorialsaglik #patoloji yenilikleri, patoloji raporlarının hazırlık aşamaları, hastaların en merak ettiği "Patoloji raporları neden geç hazırlanıyor?" sorusuna yanıt 

 

Petascale Computational Pathology - Prof Nasir Rajpoot at HMS-BWH Pathology

IHC and RegEx

Computer Scientist: If you have a problem and want to solve it with RegEx now you have two problems.

Pathologist: If you have a borderline diagnosis and try to solve it with an IHC panel, congrats now you have a much more complex diagnosis.

Memorial Patoloji - Tanıtım Filmi

Patoloji raporları ne anlatıyor? - Memorial Patoloji'den

Litmaps ile makalelerim

Yeni bir bibliyografi haritası deniyorum:

 

 

Sağlık Nimeti ve Şükürsüzlük

Nimete şükür onun hakkını vererek olur. Sağlık nimetine şükür de sağlığı korumak ve sağlığı koruyanları korumak ile mümkün.
Şükrün, nimeti arttırdığı nas ile sabit. Nankörlüğün (ayeti kelime kelime çevirirseniz nimetin üstünü örtmenin, onu görmezden gelmenin) cezasının şiddetli olacağı da aynı ayetin devamında açıkça belirtilmiş. Yine başka bir nastan alimlerin bir topluma küsmesi ve aralarından çekilmesi de cezanın başlangıcı olarak belirtiliyor.
Sağlık çalışanlarının maruz kaldığı fiziksel, ruhsal ve sosyal şiddet tahammülfersadır.
Thanks for attending my Friday Sermon.

Motto: Data driven ethical decision making

One of my mottos was discussed in #patoloji2021 #patolojikongresi2021

 

Data driven ethical decision making

 

 

baski altinda kalan patolog olur mu

"Baskı altında kalsam bile, Tıp bilgilerimi, insanlık değer ve yasalarına karşı kullanmayacağıma" ne demektir? Mesela bir patolog meslektaş baskısı nedeniyle, raporunda cerrahi sınır ya da rezeksiyonun şekli ile ilgili farklı ifadeler kullanırsa bu durum "baskı altında" kalmanın tarifi içine girer mi? Temel etik metinlerini afaki örnekler üzerine tartışmak yerine spesifik konularla tartışmak her zaman daha açıklayıcı oluyor.

hasta basi islemde hangi boya kullanilmali

Hasta başı inceleme sırasında aramızdaki konuşmalara şahit olan hastamız şöyle dedi: "İstediğiniz boyayla istediğiniz renge boyayın, yeter ki benden yeterli parçayı aldığınıza emin olun". Sanırım yaptığımız bu işlemi daha güzel özetleyemem :)

immunohistokimya'ya dair

• Soru: Gereksiz yere immünohistokimya yapıyor musunuz?
• Cevap: Hayır.
• Soru: Ekstradan tanıda kullanmayacağınız (immün)histokimya yapıyor musunuz?
• Cevap: Evet. Nadir görülen vakalarda ve yeni kullanıma giren (immün)histokimyalarda tecrübe ve kalibrasyon amaçlı bunları yapıyoruz. Bu o an o hastanın tanısına yardımcı olmasa da bizim ileride vereceğimiz tanılar için önemli bilgi birikimi sağlıyor. Anektodal bulgular elbette kanıt değildir. Ama boyanma lokalizasyonu, pateni ve intensitesinin değerlendirilmesi ehlinin de bildiği üzere sadece literatürden öğrenilecek tecrübeler değildir.
• Soru: Bu ekstradan yapılan işlemler için hastalardan ek ücret alıyor musunuz?
• Cevap: Hastanın tanısına ek katkısı olmayan bu gibi hiçbir işlemden ücret almıyoruz.
  Basın toplantısına katıldığınız için teşekkür ederim.