Son 70 yılın PubMed makale konuları

Buna benzer bir çalışmayı patoloji makalelerinde yapmış, USCAP'te sunmuştuk.

Şimdi yeniden veritabanını kurup bu grafiğe benzer bir grafiği de hazırlamak istiyorum.

R'da ve app ile nasıl yapılacağına dair bir örnekler buldum:

• Animated sorted bar chart with bars overtaking each other

• Bar Chart Race
  

• How to make “bar chart race” visualisations without coding

https://www.youtube.com/watch?v=6z9_fjCuQtE
This is how diseases were studied in the past 70 years.
We have analyzed over 29,000,000 articles and 250GB of data.
Computational Systems Biology Laboratory (csbiology.com).

R Markdown'da PubMed'e referans vermek

R Markdown'da PubMed'e referans vermek mümkün. bunun için RefManageR paketini kullanmak gerekiyor.
Benim yazabildiğim kod şöyle:

```{r PubMed references}
PMID_25783680 <- RefManageR::ReadPubMed("25783680", 
database = "PubMed")
cit_25783680 <- paste0(PMID_25783680$title, " ", 
PMID_25783680$journal, " ", "PMID: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=", 
PMID_25783680$eprint, " ", "doi: https://doi.org/", 
PMID_25783680$doi)
```
My next citation is here^[`r cit_25783680`].

http://markup.su/highlighter/

Otomatik olarak R ile günlük analiz yapıp git ile güncelleyin

Bu kodları çok farklı sayıda blog ve yazıdan derledim :)

Hedefim şu. Elimde bir R Markdown ya da R Notebook dökümanı var. Bunu belirli periyotlarla çalıştırıp güncel analizi git komutları ile github sayfama yüklemek istiyorum.

Böylece belirli bir API'den çektiğim veriyi belirli periyotlarla analiz edebileceğim.
Bu şekilde PubMed verisi üzerinde güncel analizlerimi oluşturmaya başladım.

Örnek otomatik analizler:
https://sbalci.github.io/pubmed/SchedulePubMedAnalysis.nb.html 

Örnek PubMed analizleri:
https://sbalci.github.io/ResearchOnBibliography/

1) R-project kodunu belirli periyotlarla çalıştırmak için RStudio'nun eklentilerini kullanıyorum:

cronR: A simple R package for managing your cron jobs.

Böylece aşağıdaki R dosyasını otomatik olarak belirli periyotlarla çalıştırmak mümkün.

2) Otomatik çalışan bu R kodunu kullanarak analizimi içeren R Markdown dosyasını çalıştırıp html çıktısını oluşturuyorum:

library(rmarkdown)
library(pander)
rmarkdown::render(input = "ScheduledAnalysis.Rmd",
output_format = "html_notebook",
output_file = "docs/ScheduledAnalysis.html",
quiet = TRUE)

3) Aynı R kodu içinde rstudioapi paketi ile de comand line, bash, terminal komutlarını da otomatik olarak çalıştırmak mümkün. Böylece git push da aynı anda yapılabiliyor.

library(rstudioapi)
CommitMessage <- paste("updated on ", Sys.time(), sep = "")
gitCommand <- paste("git add . \n git commit --message '",
CommitMessage,
"' \n git push origin master \n", sep = "")
gitTerm <- rstudioapi::terminalCreate(show = FALSE)
rstudioapi::terminalSend(gitTerm, gitCommand)

I want to run an #rstats R Notebook document periodically for a @ncbi_pubmed @NCBI @nlmtechbulletin PubMed bibliographic analysis then update my webpage. This will be an API based reproducible report. Follow the thread and please let me know your suggestions.

— Serdar Balcı (@serdarbalci) June 30, 2018

Türkiye adresli patoloji yayınlarında en sık kullanılan MeSH terimleri ve anahtar kelimeler

Türkiye adresli patoloji yayınlarında en sık kullanılan MeSH terimleri ve yazarların tanımladığı anahtar kelimelerin analizi ile uğraşıyordum. Edirect ve R Markdown kullanarak yaptığım analizi ve kodları şuradan bulabilirsiniz:

https://sbalci.github.io/pubmed/MeSH_Terms_Pathology_Articles_From_Turkey.html