immunohistokimya'ya dair

• Soru: Gereksiz yere immünohistokimya yapıyor musunuz?
• Cevap: Hayır.
• Soru: Ekstradan tanıda kullanmayacağınız (immün)histokimya yapıyor musunuz?
• Cevap: Evet. Nadir görülen vakalarda ve yeni kullanıma giren (immün)histokimyalarda tecrübe ve kalibrasyon amaçlı bunları yapıyoruz. Bu o an o hastanın tanısına yardımcı olmasa da bizim ileride vereceğimiz tanılar için önemli bilgi birikimi sağlıyor. Anektodal bulgular elbette kanıt değildir. Ama boyanma lokalizasyonu, pateni ve intensitesinin değerlendirilmesi ehlinin de bildiği üzere sadece literatürden öğrenilecek tecrübeler değildir.
• Soru: Bu ekstradan yapılan işlemler için hastalardan ek ücret alıyor musunuz?
• Cevap: Hastanın tanısına ek katkısı olmayan bu gibi hiçbir işlemden ücret almıyoruz.
  Basın toplantısına katıldığınız için teşekkür ederim.

immunohistokimya, performans ve tecrübeye dair

Geçmiş gün. Tam hatırlayamıyorum, hilaf olmasın. Akşamın geç saatinde (epey geç bir saatinde) bir karaciğer iğne biyopsisine bakıyordum. Onkolog aramış, metastaz primer ayrımı yapmamı istemişti. Nekrotik bir zeminde atipik hücreler vardı. Genel primer, metastaz ayrımı yapacak, hem de onkoloğu ertesi güne yönlendirecek bir panel istemiştim.

Ertesi gün immünlerin hiç yardımcı olmadığını daha mapeye baktığımda anlamıştım. Ümitsizce tekrar H&E'ye baktığımda nekroz sandığım şeyin aslında keratin olduğunu farkettim. Meğer bir skuamöz hücreli karsinom metastazına bakıyormuşum. Utancımdan immünohistokimyaları ne rapora yazdım ne de ücret bilgisini girdim.

Tecrübe buymuş meğer. Başka bir gün bir beyin tümörüne istenen 11 IHK nedeniyle IHK tahditimizin geçildiğini laboratuvardan şikayetvari bir şekilde duyduğumda, H&E'ye ben de bakayım demiş, SCC diye raporlayıvermiştim.

Sekreterin girdiği fazla histokimya tetkiklerini sildiğimizde sadece faturadan silindiğini, ama performans puanından silinmediğini farkettiğimizde bunu düzeltmek için günlerce uğraştığımızı, şimdi bu konuyu hararetli bir şekilde tartışanlara anlatsam, ne fayda eder acaba?

QuPath ve dijital patoloji analizi

Mac OS için .svs dosyalarını açacak program ararken bulmuştum QuPath'ı.
QuPath'ın validasyonu kolon tümörlerinde CD3, CD8, p53 ve PD-L1 skorlaması yanısıra H&E preparatlarındaki tümör-stroma oranı ile yapılmış.
Örnekler TMA üzerinde, kod ile ve otomatik analiz ile skorlanmış.
Önemli bir nokta skorlamalar sağ kalım ile de karşılaştırılmış.

QuPath: Open source software for digital pathology image analysis Scientific Reports volume 7, Article number: 16878 (2017) doi:10.1038/s41598-017-17204-5

QuPath'ın oldukça iyi eğitim dökümanları var: https://github.com/qupath/qupath/wiki

Makaledeki videolar şunlar:

MOESM2_ESM.mov

MOESM3_ESM.mov



Makalenin referans verdiği diğer dijital analiz araçlarının makaleleri ise şunlar:

• NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis
• Fiji: an open-source platform for biological-image analysis
• Icy: an open bioimage informatics platform for extended reproducible research
• CellProfiler™: free, versatile software for automated biological image analysis
• OpenSlide: A vendor-neutral software foundation for digital pathology
• SlideToolkit: An Assistive Toolset for the Histological Quantification of Whole Slide Images
• Collaborative analysis of multi-gigapixel imaging data using Cytomine
• Immunoratio'yu rutin tanılarda ben kullanıyordum. Elbette tanı için direk oradaki çıkan sayıyı vermiyordum ama kendimi eğitmek için iyi bir araçtı. Immunomembrane'den ise pek iyi sonuç alamamıştım.
• ImmunoRatio: a publicly available web application for quantitative image analysis of estrogen receptor (ER), progesterone receptor (PR), and Ki-67