Son 70 yılın PubMed makale konuları

Buna benzer bir çalışmayı patoloji makalelerinde yapmış, USCAP'te sunmuştuk.

Şimdi yeniden veritabanını kurup bu grafiğe benzer bir grafiği de hazırlamak istiyorum.

R'da ve app ile nasıl yapılacağına dair bir örnekler buldum:

• Animated sorted bar chart with bars overtaking each other

• Bar Chart Race
  

• How to make “bar chart race” visualisations without coding

https://www.youtube.com/watch?v=6z9_fjCuQtE
This is how diseases were studied in the past 70 years.
We have analyzed over 29,000,000 articles and 250GB of data.
Computational Systems Biology Laboratory (csbiology.com).

my knowledge map

Açık bilim ve yağmacı dergiler

BİR TUHAF SAVAŞ: AÇIK BİLİM VE YAĞMACI DERGİLER

http://www.bby.hacettepe.edu.tr/akademik/zehrataskin/file/Sarkac.pdf

reference extractor from zotero to word

Geçenlerde eski bir word belgesinden "travelling library" ye ulaşmaya çalıştım ve şu hata mesajını gördüm:

EndNote: This document does not contain a traveling library. Either it was not formatted with EndNote 5 or later, or the field codes have been removed

Referansları kurcalarken "Alan kodları arasında geçiş yap" tıklayınca zotero kelimesini gördüm. Anlaşılan bu metin EndNote ile değil de Zotero ile hazırlanmıştı.
Aşağıdaki sayfayı kullanarak ris formatında referansları indirip, EndNote'a import ile aktardım. Galiba hepsini yeniden girmek gerekecek ama, başka bir yol bulamadım.

Reference Extractor is an online tool to extract Zotero and Mendeley references from Microsoft Word documents. This can be useful if, for instance, somebody sent you a Word document with Zotero or Mendeley references, and you'd like to add the cited items to your own reference manager. Or maybe you lost access to your original Zotero or Mendeley library and wish to retrieve the items you cited in your own Word documents.

https://rintze.zelle.me/ref-extractor/

Edirect kullanarak PubMed'in bir kopyasını oluşturdum

Zamanında ne çok uğraşmıştık. PubMed'in bir kopyasını çıkartacak metin madenciliği çalışmalarımızı bu kopya ile yapacaktık.

Bu konuda yapılmış çalışmalar vardı (Tools for loading MEDLINE into a local relational database) ama biz bunun yerine MEDLINE formatında yıl yıl tüm veritabanını taramış ve tüm verileri .txt olarak indirmiştik.

Sonra uzun uğraşılar ile bunu bir oracle veritabanına dönüştürmüş ve SQL ile taranabilir hale getirmiştik. Bir de poster yapmıştık bu veri ile.

Sonra devam edemedik, verilerin olduğu bilgisayarda trajikomik bir şekilde sırra kadem bastı. Hayatımın en garip ve hayretamiz döneminde bu kaybolan veriyi tekrar bulmak için beklerken Edirect ile lokal PubMed verisi oluşturulabileceğini öğrendim.

Az önce yaklaşık 250 GB büyüklüğündeki lokal kopyayı oluşturmam bitti ve ilk taramalara başladım.
XML ile de öğreneceğim çok şey var daha.


Using EDirect to create a local copy of PubMed - The Insider's Guide to Accessing NLM Data - National Library of Medicine

Üniversite Yetkinlik Analizi

TÜBİTAK Üniversite Yetkinlik Analizi Çalışması

http://www.tubitak.gov.tr/tr/haber/universite-yetkinlik-analizi-calismasi-yayinlandi

Türkiye adresli patoloji yayınlarında en sık kullanılan MeSH terimleri ve anahtar kelimeler

Türkiye adresli patoloji yayınlarında en sık kullanılan MeSH terimleri ve yazarların tanımladığı anahtar kelimelerin analizi ile uğraşıyordum. Edirect ve R Markdown kullanarak yaptığım analizi ve kodları şuradan bulabilirsiniz:

https://sbalci.github.io/pubmed/MeSH_Terms_Pathology_Articles_From_Turkey.html

Dergi ve ülkelere göre yayımlanan patoloji makaleleri

Patoloji makaleleri üzerine yaptığım bibliografik çalışmalara devam ediyorum.

Dergi ve ülkelere göre yayımlanan patoloji makaleleri de hazır.

Grafiğin detaylarına, kodlara ve tartışma kısmına şuradan ulaşabilirsiniz: Articles Per Journals Per Country