Tekrarlanabilir ve otomatik raporlar

Şöyle birşey düşünün,

Pankreas patolojisi ile ilgileniyorsunuz. "Bizim pankreas serisi ne durumda" diye merak ettiniz. Yaptığınız şey birkaç düğmeye basmak, ve o zamana kadar bölümünüzde rapor edilen pankreas vakalarının yaş, cinsiyet, tümör çapı, tümör tipi, evre, derece, lenf nodu durumu vesair bilgileri sağ kalım grafikleri ile word dökümanı olarak oluşturuluveriyor.

Bu hayal değil. Yapılabilir.

Makul bir bilgi işlem çalışanı, CAP ve AJCC'ye uygun doldurulması zorunlu yapılandırılmış patoloji raporları, ana veri tablosuna erişim, biraz SQL, biraz R, biraz da R Markdown kullanarak bunu yapmak işten bile değil.



Branding and automating your work with R Markdown – RStudio


Genetik sonuçlarıyla da entegre edelim madem o kadar istiyorsunuz :)

SPSS'ten R'a veri aktarırken değişken etiketleri

SPSS'den R'a veri aktarırken değişken etiketlerini aktarmakta zorluk çekiyordum. Değişken etiketleri ve değer etiketleri düzgün bir şekilde aktarılmıyor, sadece rakamlar aktarılıyordu. Bunu engellemek için excel ya da csv'ye aktarıp tekrar R'a aktarınca da bu sefer string ile uğraşmak zorunda kalıyordum.

Bunu Jamovi'de de yaşadım ve geliştiricilerle bunu tartıştım: Value Labels are not preserved when data imported from SPSS #487  Jamovi'de yaşadığım sorunun nedeni SPSS'te verileri ordinal ve nominal olarak doğru kodlamayışımmış.

RStudio ile varsayılan yükleme haven paketi ile. Ancak haven paketi ile de değer etiketleri ve değişken etiketlerini aktarmak zor. Bu etiketleri mutlaka aktarmak istiyorum, çünkü Jamovi'nin oluşturduğu sytax bunları kullanıyor ve ben bazı analizleri tekrar kolayca yapmak için Jamovi syntax'ını RNotebook'a aktarmak istiyorum.

Bunu tekrar tekrar yapmak benim için kolaylık olsun diye aşağıdaki kodu hazırladım. Benzer sorunları olanlar da faydalanır umarım.