Akademiden ayrıldık ama

I am no longer a researcher; however, I still contribute to science. I changed how I contribute to science, as have many of my peers and colleagues who are not active researchers.
https://www.pnas.org/content/early/2019/08/07/1909427116

my knowledge map

Pancreatobiliary Pathology Society Journal Watch

USCAP topluluklarından Pankreatobilier Patoloji Grubu'nun sayfasına Haziran-Temmuz aylarına ait makaleleri ekledik.
Pankreas, bilier sistem, ampulla ve nöroendokrin patolojisi alanındaki cerrahi patoloji, sitopatoloji ve moleküler patoloji çalışmaları yanısıra, deneysel çalışmalar, cerrahi, onkoloji ve epidemiyoloji yayınları da yer alıyor.

"Journal Watch" 2 ayda bir güncellenecek.

Pancreatobiliary Pathology Society Journal Watch for June-July 2018
http://pbpath.org/journal-watch/
#PBpath #pathology #pathologists

Türkiye adresli patoloji yayınlarında en sık kullanılan MeSH terimleri ve anahtar kelimeler

Türkiye adresli patoloji yayınlarında en sık kullanılan MeSH terimleri ve yazarların tanımladığı anahtar kelimelerin analizi ile uğraşıyordum. Edirect ve R Markdown kullanarak yaptığım analizi ve kodları şuradan bulabilirsiniz:

https://sbalci.github.io/pubmed/MeSH_Terms_Pathology_Articles_From_Turkey.html

Yağmacı (Yırtıcı) Dergiler

Predatory Journals diye nam salan, sizden para tırtıklayan, bilimsel kaygıdan çok daha fazla ticari kaygı ile yönetilen dergiler var. Bunları tespit etmek kolay değil. Hele yayın baskısı altında (Publish or Perish) bunların tuzağına düşmek işten bile değil. Bazen de ekmek parası uğruna "verelim parasını, kadroyu alalım" düşüncesi de oluyor.

Predatory'nin Türkçesi için 'yırtıcı'dan daha çok 'yağmacı' daha uygun gibi geldi bana.

Bu konuda değişik listeler ve çalışmalar var. Bunlardan birinde makale bir interaktif web sayfasına (shinyapp) dönüştürülmüş. Buradan bu dergileri arayıp bulmak mümkün:

Searching for Predatory Journals
http://www.msperlin.com/shiny/predatory/

İlgili makale:
Is predatory publishing a real threat? Evidence from a large database study
Perlin, M.S., Imasato, T. & Borenstein, D. Scientometrics (2018). https://doi.org/10.1007/s11192-018-2750-6
https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11192-018-2750-6
https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3067958

İlgili R paketi:
predatory: Tools for Detecting Predatory Publishers and Journals
https://cran.r-project.org/web/packages/predatory/index.html

Patolog mikroskopa bakarken tümör hücrelerini bulan algoritma, klasik patoloji ile dijital patolojinin birleşimi

Google mikroskopa bakarken tümör hücrelerini eşzamanlı tespit etmeye başlamış :)

Klasik patoloji ile dijital patolojinin birleşimini görüyoruz burada. Patologları bilgisayar başına oturtup, mikroskoptan kopartmaya çalışmak yerine, patologa alışık olduğu şekilde vaka baktırırken, bilgisayarın destek olması sağlanıyor.

American Association for Cancer Research #AACR18 son kongresinde An Augmented Reality Microscope for Real-time Automated Detection of Cancer adlı çalışmalarını sunmuşlar.

Detaylar şu blogda: An Augmented Reality Microscope for Cancer Detection

Detecting cancer in real-time with machine learning

Bilimsel dergi aboneliğinde yeni dönem

Açık kaynak (open access) hareketlerinin ön plana çıkması, akademik paylaşım siteleri (Research Gate) ve sci-hub gibi yollar sayesinde, bilimsel dergi aboneliğinin maliyeti daha da irdelenir oldu.

Ülkemizde tasarruf dönemlerinde (1995 yılı gibi) tüm dergi aboneliklerinin iptal edildiği olmuştu. Yakın zamanda ise Almanya’nın Elsevier ile ve Fransa’nın Springer ile anlaşamaması gündemde. Bizdekinden farklı olarak ödeme yapmayı reddeden Almanya ve Fransa’nın abonelikleri devam ediyor.

French say ‘no deal’ to Springer as journal fight spreads
https://www.timeshighereducation.com/news/french-say-no-deal-springer-journal-fight-spreads

Bu durumda bilimsel dergi aboneliğinde yeni bir döneme girdiğimizi, bilimi üreten ülkelerin masraflarını azaltıp, bilimi satın alan (almak zorunda kalan) ülkeler üzerinde yeni bir ekonomik baskı türü oluşturmaya başladığını söyleyebiliriz.


Ek:

- Dutch publishing giant cuts off researchers in Germany and Sweden
https://www.nature.com/articles/d41586-018-05754-1

Dergi ve ülkelere göre yayımlanan patoloji makaleleri

Patoloji makaleleri üzerine yaptığım bibliografik çalışmalara devam ediyorum.

Dergi ve ülkelere göre yayımlanan patoloji makaleleri de hazır.

Grafiğin detaylarına, kodlara ve tartışma kısmına şuradan ulaşabilirsiniz: Articles Per Journals Per Country

QuPath ve dijital patoloji analizi

Mac OS için .svs dosyalarını açacak program ararken bulmuştum QuPath'ı.
QuPath'ın validasyonu kolon tümörlerinde CD3, CD8, p53 ve PD-L1 skorlaması yanısıra H&E preparatlarındaki tümör-stroma oranı ile yapılmış.
Örnekler TMA üzerinde, kod ile ve otomatik analiz ile skorlanmış.
Önemli bir nokta skorlamalar sağ kalım ile de karşılaştırılmış.

QuPath: Open source software for digital pathology image analysis Scientific Reports volume 7, Article number: 16878 (2017) doi:10.1038/s41598-017-17204-5

QuPath'ın oldukça iyi eğitim dökümanları var: https://github.com/qupath/qupath/wiki

Makaledeki videolar şunlar:

MOESM2_ESM.mov

MOESM3_ESM.mov



Makalenin referans verdiği diğer dijital analiz araçlarının makaleleri ise şunlar:

• NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis
• Fiji: an open-source platform for biological-image analysis
• Icy: an open bioimage informatics platform for extended reproducible research
• CellProfiler™: free, versatile software for automated biological image analysis
• OpenSlide: A vendor-neutral software foundation for digital pathology
• SlideToolkit: An Assistive Toolset for the Histological Quantification of Whole Slide Images
• Collaborative analysis of multi-gigapixel imaging data using Cytomine
• Immunoratio'yu rutin tanılarda ben kullanıyordum. Elbette tanı için direk oradaki çıkan sayıyı vermiyordum ama kendimi eğitmek için iyi bir araçtı. Immunomembrane'den ise pek iyi sonuç alamamıştım.
• ImmunoRatio: a publicly available web application for quantitative image analysis of estrogen receptor (ER), progesterone receptor (PR), and Ki-67

Kanser tedavisinde daha iyi teknoloji mi daha iyi bakım mı?

Bu makalede "Kanser tedavisinde daha iyi teknoloji mi daha iyi bakım mı?" konusu tartışılıyor:

Cancer patients need better care, not just more technology

Nature 549, 325–328 doi:10.1038/549325a

https://www.nature.com/news/cancer-patients-need-better-care-not-just-more-technology-1.22644

Şu paragraf ilgimi çekti:

...... now considered a standard treatment in India for patients with metastatic colon cancer, despite trials showing that it improves median survival by only 6 weeks ..... in many parts of India, there aren't enough pathologists to test a woman's breast cancer for the oestrogen receptor. ..... would enable many thousands of women ....... increases the cure rate of breast cancer by 10%.

Benzer sorunlar bizde de var sanırım. Patoloji departmanlarında hemen herkes moleküler testlere, sekanslamaya yönelirken sadre şifa noktalar dikkatten kaçıyor. Otoliz, tespit takip, IHK standardizasyonu gibi noktalarda hala eksiklikler bariz. Standart tanı için vakaların bölüm içi ve bölüm dışı konsültasyonu bile hala çözümlenebilmiş değil.

... considerable uncertainty about the cost-effectiveness of proton-beam therapy, there are plans to install at least 18 such machines across Brazil, Russia, India, China and South Africa. Each machine costs around $140 million¹². These same countries currently have an average deficit of around 60% in both human resources and equipment for basic radiotherapy, which is much more effective in increasing cure rates and relieving suffering¹³.

Standart tedaviler ve teknikler yerine daha "fancy" şeylere odaklanılmasında hekimler ne kadar etkili oluyor acaba? Hani "biz  de yapalım" gibisinden düşünceler oluyordur belki. Son zamanlarda yapılan PD-L1 yolağındaki çalışmalara bakılırsa "moda"ya patologlar da uymaya meyilli.

..... must not insist on replicating models established in high-income countries.....

Ne zaman bu konuyu gündeme getirsem, "sağkalıma etkisi çok kısıtlı, bizde hastalar ileri evre" desem "senin yakının olsaydı bu ilacı kullanmak istemez miydin" oluyor verilen cevap. Henüz daha "veri" kullanarak cevap veren çıkmadı.

Gözlemciler arası uyum

Kappa testi gözlemciler arası uyumu belirlemek için kullanılıyor ve patolojide en çok kullanılan analiz yöntemlerinden birisi.

Burada dikkat edilmesi gereken iki nokta var:

• Gözlemcilerin birbiri ile olan farklılıkları

Bir asistan ile bir eksper patoloğun uyumsuzluğu gözardı edilebilecekken, iki eksperin tanı uyumsuzluğu daha önemli olabilir.

• Tanıların birbiri ile olan farklılıkları

T1 ve T2 olan tümöre aynı tedavi veriliyorsa T1 ve T2'nin ayırt edilmesi önemli olmayabilir. T1 ile T4 arasındaki fark çok önemli olabilir.

Gözlemcilerin eşit olmaması nonunique rater, tanıların farklı değerlendirilmesi ise ağırlıklı weighted kappa analiz olarak Stata'da incelenebiliyor.

Detaylar şu dökümanda: https://www.stata.com/manuals13/rkappa.pdf

Bu testi kullanan çalışmalar:

• Ampullary carcinoma is often of mixed or hybrid histologic type: an analysis of reproducibility and clinical relevance of classification as pancreatobiliary versus intestinal in 232 cases.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27586202