QuPath ve dijital patoloji analizi

Mac OS için .svs dosyalarını açacak program ararken bulmuştum QuPath'ı.
QuPath'ın validasyonu kolon tümörlerinde CD3, CD8, p53 ve PD-L1 skorlaması yanısıra H&E preparatlarındaki tümör-stroma oranı ile yapılmış.
Örnekler TMA üzerinde, kod ile ve otomatik analiz ile skorlanmış.
Önemli bir nokta skorlamalar sağ kalım ile de karşılaştırılmış.

QuPath: Open source software for digital pathology image analysis Scientific Reports volume 7, Article number: 16878 (2017) doi:10.1038/s41598-017-17204-5

QuPath'ın oldukça iyi eğitim dökümanları var: https://github.com/qupath/qupath/wiki

Makaledeki videolar şunlar:

MOESM2_ESM.mov

MOESM3_ESM.mov



Makalenin referans verdiği diğer dijital analiz araçlarının makaleleri ise şunlar:

• NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis
• Fiji: an open-source platform for biological-image analysis
• Icy: an open bioimage informatics platform for extended reproducible research
• CellProfiler™: free, versatile software for automated biological image analysis
• OpenSlide: A vendor-neutral software foundation for digital pathology
• SlideToolkit: An Assistive Toolset for the Histological Quantification of Whole Slide Images
• Collaborative analysis of multi-gigapixel imaging data using Cytomine
• Immunoratio'yu rutin tanılarda ben kullanıyordum. Elbette tanı için direk oradaki çıkan sayıyı vermiyordum ama kendimi eğitmek için iyi bir araçtı. Immunomembrane'den ise pek iyi sonuç alamamıştım.
• ImmunoRatio: a publicly available web application for quantitative image analysis of estrogen receptor (ER), progesterone receptor (PR), and Ki-67