Among jamovi Team

I am happy to be among @jamovistats team :)https://t.co/3nSReBrch5#RStats #opensource #jamovi #Statistics #Biostatistics@raviselker @jjjjonathon @damiandropmann pic.twitter.com/K3aooyuX6q

— Serdar Balcı (@serdarbalci) June 7, 2020

Son 70 yılın PubMed makale konuları

Buna benzer bir çalışmayı patoloji makalelerinde yapmış, USCAP'te sunmuştuk.

Şimdi yeniden veritabanını kurup bu grafiğe benzer bir grafiği de hazırlamak istiyorum.

R'da ve app ile nasıl yapılacağına dair bir örnekler buldum:

• Animated sorted bar chart with bars overtaking each other

• Bar Chart Race
  

• How to make “bar chart race” visualisations without coding

https://www.youtube.com/watch?v=6z9_fjCuQtE
This is how diseases were studied in the past 70 years.
We have analyzed over 29,000,000 articles and 250GB of data.
Computational Systems Biology Laboratory (csbiology.com).

Tangram tablo yapmanın kolay yolu

Bu yıl ulusal ve uluslararası kongrelerde sunulacak çalışmalara yardım etmeye devam ettim. Malum bir süredir kongrelere sadece bu şekilde katılabiliyorum.

Bu "analiz" ya da abstract döneminde en çok Tangram Table Grammar Examples paketini kullandım.
Basit bir kod ile tüm tabloları oldukça kolaylıkla oluşturmak mümkün.

Üstelik oldukça havalı, NEJM ve Lancet formatında tablolar yapılabiliyor :)

Geliştiricisi de çok yardımsever. Bir sürü soruma GitHub'da cevap verdi.

R Markdown'da PubMed'e referans vermek

R Markdown'da PubMed'e referans vermek mümkün. bunun için RefManageR paketini kullanmak gerekiyor.
Benim yazabildiğim kod şöyle:

```{r PubMed references}
PMID_25783680 <- RefManageR::ReadPubMed("25783680", 
database = "PubMed")
cit_25783680 <- paste0(PMID_25783680$title, " ", 
PMID_25783680$journal, " ", "PMID: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=", 
PMID_25783680$eprint, " ", "doi: https://doi.org/", 
PMID_25783680$doi)
```
My next citation is here^[`r cit_25783680`].

http://markup.su/highlighter/

Otomatik olarak R ile günlük analiz yapıp git ile güncelleyin

Bu kodları çok farklı sayıda blog ve yazıdan derledim :)

Hedefim şu. Elimde bir R Markdown ya da R Notebook dökümanı var. Bunu belirli periyotlarla çalıştırıp güncel analizi git komutları ile github sayfama yüklemek istiyorum.

Böylece belirli bir API'den çektiğim veriyi belirli periyotlarla analiz edebileceğim.
Bu şekilde PubMed verisi üzerinde güncel analizlerimi oluşturmaya başladım.

Örnek otomatik analizler:
https://sbalci.github.io/pubmed/SchedulePubMedAnalysis.nb.html 

Örnek PubMed analizleri:
https://sbalci.github.io/ResearchOnBibliography/

1) R-project kodunu belirli periyotlarla çalıştırmak için RStudio'nun eklentilerini kullanıyorum:

cronR: A simple R package for managing your cron jobs.

Böylece aşağıdaki R dosyasını otomatik olarak belirli periyotlarla çalıştırmak mümkün.

2) Otomatik çalışan bu R kodunu kullanarak analizimi içeren R Markdown dosyasını çalıştırıp html çıktısını oluşturuyorum:

library(rmarkdown)
library(pander)
rmarkdown::render(input = "ScheduledAnalysis.Rmd",
output_format = "html_notebook",
output_file = "docs/ScheduledAnalysis.html",
quiet = TRUE)

3) Aynı R kodu içinde rstudioapi paketi ile de comand line, bash, terminal komutlarını da otomatik olarak çalıştırmak mümkün. Böylece git push da aynı anda yapılabiliyor.

library(rstudioapi)
CommitMessage <- paste("updated on ", Sys.time(), sep = "")
gitCommand <- paste("git add . \n git commit --message '",
CommitMessage,
"' \n git push origin master \n", sep = "")
gitTerm <- rstudioapi::terminalCreate(show = FALSE)
rstudioapi::terminalSend(gitTerm, gitCommand)

I want to run an #rstats R Notebook document periodically for a @ncbi_pubmed @NCBI @nlmtechbulletin PubMed bibliographic analysis then update my webpage. This will be an API based reproducible report. Follow the thread and please let me know your suggestions.

— Serdar Balcı (@serdarbalci) June 30, 2018

RCode, yeni bir R arayüzü

R için yeni bir arayüz (GUI) olan RCode denemeye başladım: https://www.pgm-solutions.com/rcode

Bu arayüzün en dikkat çekici tarafı veriyi arayüz içinde düzenleyebilmek.

Grafik fonksiyonlarını henüz denemedim.

SPSS'ten R'a veri aktarırken değişken etiketleri

SPSS'den R'a veri aktarırken değişken etiketlerini aktarmakta zorluk çekiyordum. Değişken etiketleri ve değer etiketleri düzgün bir şekilde aktarılmıyor, sadece rakamlar aktarılıyordu. Bunu engellemek için excel ya da csv'ye aktarıp tekrar R'a aktarınca da bu sefer string ile uğraşmak zorunda kalıyordum.

Bunu Jamovi'de de yaşadım ve geliştiricilerle bunu tartıştım: Value Labels are not preserved when data imported from SPSS #487  Jamovi'de yaşadığım sorunun nedeni SPSS'te verileri ordinal ve nominal olarak doğru kodlamayışımmış.

RStudio ile varsayılan yükleme haven paketi ile. Ancak haven paketi ile de değer etiketleri ve değişken etiketlerini aktarmak zor. Bu etiketleri mutlaka aktarmak istiyorum, çünkü Jamovi'nin oluşturduğu sytax bunları kullanıyor ve ben bazı analizleri tekrar kolayca yapmak için Jamovi syntax'ını RNotebook'a aktarmak istiyorum.

Bunu tekrar tekrar yapmak benim için kolaylık olsun diye aşağıdaki kodu hazırladım. Benzer sorunları olanlar da faydalanır umarım.

Jamovi ile SPSS dökümanları açılabiliyor

Jamovi ile artık SPSS, SAS ve Stata dökümanları açılabiliyor.

Dosya menüsünden Open altında;

ilgili veri türünü seçmek mümkün. Gerçi Data Files kısmında bırakınca da belgeleri görüyor

SPSS'in .sav dosyaları açılabiliyor.

Kodlanmış verilerdeki değerler de Jamovi içinde korunuyor.

Yavaş yavaş ücretli programlara olan bağımlılığımızdan kurtulacağız :)

Yoksa siz hala annenizin istatistik programını mı kullanıyorsunuz 😱 #useR 🧐 #useJamovi 🤓 https://t.co/cOmH9PLNPi 😎

— Serdar Balcı (@serdarbalci) 20 Mart 2018