Otomatik olarak R ile günlük analiz yapıp git ile güncelleyin

Bu kodları çok farklı sayıda blog ve yazıdan derledim :)

Hedefim şu. Elimde bir R Markdown ya da R Notebook dökümanı var. Bunu belirli periyotlarla çalıştırıp güncel analizi git komutları ile github sayfama yüklemek istiyorum.

Böylece belirli bir API'den çektiğim veriyi belirli periyotlarla analiz edebileceğim.
Bu şekilde PubMed verisi üzerinde güncel analizlerimi oluşturmaya başladım.

Örnek otomatik analizler:
https://sbalci.github.io/pubmed/SchedulePubMedAnalysis.nb.html 

Örnek PubMed analizleri:
https://sbalci.github.io/ResearchOnBibliography/

1) R-project kodunu belirli periyotlarla çalıştırmak için RStudio'nun eklentilerini kullanıyorum:

cronR: A simple R package for managing your cron jobs.

Böylece aşağıdaki R dosyasını otomatik olarak belirli periyotlarla çalıştırmak mümkün.

2) Otomatik çalışan bu R kodunu kullanarak analizimi içeren R Markdown dosyasını çalıştırıp html çıktısını oluşturuyorum:

library(rmarkdown)
library(pander)
rmarkdown::render(input = "ScheduledAnalysis.Rmd",
output_format = "html_notebook",
output_file = "docs/ScheduledAnalysis.html",
quiet = TRUE)

3) Aynı R kodu içinde rstudioapi paketi ile de comand line, bash, terminal komutlarını da otomatik olarak çalıştırmak mümkün. Böylece git push da aynı anda yapılabiliyor.

library(rstudioapi)
CommitMessage <- paste("updated on ", Sys.time(), sep = "")
gitCommand <- paste("git add . \n git commit --message '",
CommitMessage,
"' \n git push origin master \n", sep = "")
gitTerm <- rstudioapi::terminalCreate(show = FALSE)
rstudioapi::terminalSend(gitTerm, gitCommand)

I want to run an #rstats R Notebook document periodically for a @ncbi_pubmed @NCBI @nlmtechbulletin PubMed bibliographic analysis then update my webpage. This will be an API based reproducible report. Follow the thread and please let me know your suggestions.

— Serdar Balcı (@serdarbalci) June 30, 2018