Ülkelere Göre Patoloji Makalelerinin Sayıları

PubMed'de yer alan patoloji dergilerindeki makale sayılarını incelediğim ilk analiz bitti. Kodu github ve buraya da ekledim:

https://sbalci.github.io/pubmed/BibliographicStudies.html

Yorumlarınızı bekliyorum :)

R-project veri yüklemek neden zor?

Tüm dünya R ile istatistik analizine ilerleyedursun, biz hala SPSS adı altında kurslar düzenleme derdindeyiz. Jamovi gibi grafik arayüzleri varken hem de. Peki neden? Haklı tarafı yok mu?

R savunucuları, bu durumla dalga geçedursun, aslında hala daha SPSS'in kullanılmasının önemli bir nedeni var: veri yüklemek

R'a veri yüklemek neden bu kadar zor. Çoğu data üstadının burun kıvırdığı excel hala daha en çok kullanılan veri giriş modeli. Bir spreadsheet herkesin anlayabileceği kolaylıkta.
Neden hala R'a excel yüklemek bu kadar sorun? En fonksiyonel bulduğum xlsx paketini eklemek için java yüklemek gerekiyor. SPSS için foreign paketleri, haven paketleri ortada geziyor. Hele bir de .csv dosyaları var ki, eğer Türkçe excel kullanıyorsanız ; ile , arasındaki fark herhalde bu kadar anlamlı olmamıştır. Sayılara verdiğiniz . ya da , ile ondalıklar da epey sıkıntıya neden oluyor.

Jamovi de sadre şifa değil, o da henüz .sav dosyalarını okuyamıyor (Onun için önce JASP ile açıp sonra Jamovi ile bu JASP dosyasını açmak lazım). Eğer .csv dosyanızda sorun varsa veriniz de düzgün yüklenemiyor.

SPSS'in bu kadar yaygın olmasının nedeni belki de sadece bu konuda kullanıcı dostu olmaya devam etmesi.

Ortada yığınla R kursu var, ama hepsi afaki şeylerden bahsediyor. Neymiş efendim atomik vektör tipiymiş, zorlama ile türler nasıl değişirmiş, S dili çok önemliymiş, lattice mi kullaılacakmış, ggplot mu? Adama bir ağız tadı ile veri yükletip frekans tablosu aldıramadıktan sonra R çok iyi bir programmış kime ne?

Bu arada R'a veri yüklemenin -ve tabii bunu data.frame olarak yapmanın- en kolay yolu RStudio ile. Dökümana sağ tıklayıp import dataset dedikten sonrası oldukça anlaşılır:

• RStudio webinar: Getting your data into R

https://www.rstudio.com/resources/webinars/getting-your-data-into-r/
https://vimeo.com/130548869

Jamovi'de Sağkalım Analizi

Jamovi ile artık sağkalım analizi yapmak mümkün.

Bunun için Death Watch eklentisini yüklemek lazım:

Daha sonra menüden sağkalım analizini seçip:

İlgili yerleri doldurmak lazım. Event kısmına sağkalım durumu yazılmalı, event level'da ise ölüm durumu seçilmeli. Time elapsed geçen süreyi gösteriyor. Group seçilirse bu gruplara göre karşılaştırmalı eğriler elde edilebilir.

Verilerin türlerine dikkat etmek lazım. Nominal, ordinal ve sürekli değişkenler uygun şekilde düzenlenmiş olmalıdır.

Sağkalım analizinin tanımlayıcı istatistikleri ve ikili karşılaştırmalar:
Veriler değiştirilmiştir :)

Sağkalım eğrisi istenirse güven aralıklı olarak da çizdirilebiliyor:

Eğer R'da  jmv paketi yüklüyse bu kodu kullanarak da analizi yapmak mümkün:





Patoloji'de akreditasyona gazetecilerin katkısı

Patoloji'de akreditasyona gazetecilerin katkısı üzerine de düşünmek lazım.
Bkz:
https://wwwn.cdc.gov/cliac/pdf/Addenda/cliac0208/Addendum%20G.pdf
http://faculty.poly.edu/~jbain/scitechsoc/readings/98CC.pdf

Belki de son zamanlarda çıkan haberlere reaksiyon göstermek yerine gerginliği dozunda kontrol edip, bu durumu fırsata çevirmek mümkün olabilir.

Coursera alt yazıları

Uzun zamandır Coursera'dan ücretsiz kurslar dinliyordum. Bir şekilde öğrendiklerimin karşılığını vermek istiyordum. Bunun için alt yazıları Türkçe'ye çevirmeye başladım.
https://translate-coursera.org/ adresinden çeviriler yapılabiliyor. 
"Introduction to Breast Cancer" kursundan başladım.